La structure des cotisations de l’AFPC est basée sur sa structure politique. Tous les membres font partie d’une section locale, qui prélève peut-être des cotisations (selon un taux déterminé à son assemblée générale annuelle). Exception faite des sections locales à charte directe (SLCD), toutes les sections locales font partie d’un Élément, qui prélève aussi des cotisations selon un taux déterminé à son congrès triennal. Finalement, tous les Éléments sont affiliés à l’AFPC, qui elle aussi prélève des cotisations selon un taux déterminé à son congrès triennal national.